බටහිර ඖෂධ, පශු ඖෂධ, ආයුර්වේද ඖෂධ, හෝමියෝපති ඖෂධ හා ශල්‍ය උපාංග සඳහා ආනයන පාලන බලපත්‍ර නිකුත් කිරීම හා එම බලපත්‍ර හර කිරීම මෙම ඒකකය මගින් සිදුකරනු ලබයි.

පාවිච්චි කරන  ලද වාහන හා වාහන අමතර කොටස් සඳහා ආනයන පාලන බලපත්‍ර නිකුත් කිරීම හා එම බලපත්‍ර හරකිරීම මෙම ඒකකය මගින් සිදු කරනු ලබයි.

කාර්මික රසායන ද්‍රව්‍ය, ඛණිජ තෙල් ආශ්‍රිත නිෂ්පාදන, පළිබෝධ නාශක හා වල් නාශක, විකිරණශීලි ද්‍රව්‍ය, මධ්‍යසාර, ස්ප්‍රීතු හා ඒ ආශ්‍රිත නිෂ්පාදන සඳහා ආනයන පාලන බලපත්‍ර නිකුත් කිරීම හා එම බලපත්‍ර හරකිරීම මෙමගින් සිදුකරනු ලබයි.

ජංගම දුරකතන ඇතුළු සන්නිවේදන උපකරණ්‍ය්‍ය, පරිගණක, වායු සමීකරණ යන්ත්‍ර, ශීත කාරක වායු, දුරස්ථ පාලක ඇතුළු උපකරණ සඳහා ආනයන පාලන බලපත්‍ර නිකුත් කිරීම හා එම බලපත්‍ර හර කිරීම මෙම ඒකකය මගින් සිදු කරනු ලබයි.

සතුන් හා සත්ව නිෂ්පාදන, මැකරල් හා ටින් මාළු, ශක්තිජනක පාන වර්ග, තේ, ධාන්‍ය වර්ග, මාළු ඇම, ගිනි අවි පුපුරන ද්‍රව්‍ය, ක්‍රීඩා උපකරණ, පාවිච්චි කළ ඇදුම්, ගෘහ භාණ්ඩ, දැවි තෙල්, සිගරට් කඩදාසි, කාසි, වානේ, ප්ලාස්ටික් භාජන ඇතුළු විවිධ ආනයනයන් සඳහා ආනයන පාලන බලපත්‍ර නිකුත් කිරීම, ආනයන බලපත්‍ර හර කිරීම සහ ලෝහ සුන්බුන් සහ ඉරන ලද දැව කොටස් සඳහා අපනයන පාලන බලපත්‍ර නිකුත් කිරීම මෙම ඒකකය මගින් සිදුකරනු ලබයි.

• වාර්ෂික වියදම් ඇස්තමේන්තු සකස් කර භාණ්ඩාගාරයේ අයවැය දෙපාර්තමේන්තුව වෙත ඉදිරිපත් කිරීම, අනුමත ප්‍රතිපාදන පාලනය කිරීම සඳහා වැය ලෙජරය නිසි පරිදි පවත්වාගෙන යාම, අයවැය මගින් වෙන්කරන ලද ප්‍රතිපාදන ප්‍රමාණවත් නොවන වැය විෂයන් සඳහා අතිරේක ප්‍රතිපාද ලබා ගැනීම, මුදල් රෙගුලාසි 66 ප්‍රකාරව එම වැය විෂයන් වෙත ප්‍රතිපාදන මාරු කිරීම් සඳහා අනුමැතිය ලබා ගැනීම.
• 1969 අංක 01 ආනයන අපනයන පාලන පනත ප්‍රකාරව අය කරගත යුතු ආදායම් සඳහා වාර්ෂික ආදායම් ඇස්තමේන්තු සකස් කිරීම. එම ඇස්තමේන්තු අනුමැතිය සඳහා  භාණ්ඩාගාරයේ අයවැය දෙපාර්තමේන්තුව වෙත යොමු කිරීම, ආදායම් ඇස්තමේන්තු සංශෝධනය කිරීම, ආදායම් එකතු කිරීම,ආදායම් ලෙජරයේ සටහන් කිරීම හා බැංකු ගත කිරීම.
• දෙපාර්තමේන්තු ආදායම් හා වියදම් සම්බන්ධයෙන් ප්‍රධාන මුදල් පොත නිසි පරිදි පවත්වාගෙන යාම.
• ආනයන අපනයන පාලන දෙපාර්තමේන්තුවේ නිල බැංකු ගිණුම් පවත්වාගෙන යාමේ කටයුතු කිරීම.
• ආනයන හා අපනයන පාලන දෙපාර්තමේන්තුව බැංකු සැසදුම් ප්‍රකාශය මාසික සැකසීම හා එම ප්‍රකාශය ලේකම්, සංවර්ධන උපායමාර්ග හා ජාත්‍යන්තර වෙළඳ අමාත්‍යාංශය හා භාණ්ඩාගාරයේ රාජ්‍ය ගිණුම් දෙපාර්තමේන්තුවට ද පිටපත් සහිතව විගණකාධිපති වෙත යැවීම.
• Pay Roll වැඩ සටහන මගින් දෙපාර්තමේන්තු නිලධාරීන්ගේ මාසික වැටුප් සැකසීම සහතික කිරීම හා ගෙවීම් කිරීම.
• ගෙවීම් සඳහා ඉදිරිපත් වන පුනරාවර්තන හා මූලධන වියදම් සඳහා වන වවුචර් පත් සහතික කිරීම හා ගෙවීම් කිරීම.
• රජයේ නිලධාරීන්ගේ අත්තිකාරම් ගිණුම යටතේ ගෙවීමට ඉදිරිපත් වන වවුචර් සහතික කිරීම හා ගෙවීම් කිරීම.
• CIGAS වැඩ සටහන මගින් මාසික ගිණුම් සාරාංශ සකස් කර භාණ්ඩාගාරය වෙත ප්‍රේෂණය කිරීම.
• රජයේ ආදායමින් ආපසු ගෙවීම් සම්බන්ධයෙන් භාණ්ඩාගාර මෙහෙයුම් දෙපාර්තමේන්තුවේ අනුමැතිය ලබාගෙන ගෙවීම් කිරීම.
• දේශීය අදායම් දෙපාර්තමේන්තුවට ගෙවිය යුතු එකතු කළ අගය මත බදු, ජාතිය ගොඩනැගීමේ බදු හා මුද්දර බදු පොදු තැම්පත් ගිණුමේ තැන්පත් කර අදාළ කාල රාමුව තුල දේශීය අදායම් දෙපාර්තමේන්තුව වෙත ප්‍රේෂණය කිරීම.
• එම බදු සම්බන්ධයෙන් දේශීය ආදායම් දෙපාර්තමේන්තුවට ගෙවිය යුතු මාසික, කාර්තුමය සහ වාර්ෂික වාර්තා නියමිත කාල රාමුව තුල යැවීම.
• වාර්ෂික භාණ්ඩ සමීක්ෂණය අදාළ කාල රාමුව තුල පවත්වා එම වාර්තා රාජ්‍ය මුදල් දෙපාර්තමේන්තුවට හා විගණකාධිපති  වෙත යැවීම.
• ලිපි ද්‍රව්‍ය හා ඉන්වෙන්ට්‍රි ගබඩාව පවත්වා ගෙන යාම.

• නියමිත ගෙවීම දින ඉක්මවූ D/A සහ විවෘත ගිණුම් මත ගෙවීම් සඳහා අනුමැතිය ලබා දීම.
• විදේශ විනිමය වැය නොවන පදනම මත කරනු ලබන ආනයනයන් සඳහා අනුමැතිය ලබා දීම.
• බැංකු රෙගුලාසි උල්ලංඝනය කිරීම මත රේගු අධ්‍යක්ෂ ජනරාල්ට සහ බැංකුවටඅනුමැතියන් දීම.
• ගෙවුම් ක්‍රමවල කොන්දේසි උල්ලංඝනය වීම් හේතුවෙන් බැංකුවේ රඳවා ගත් ලේඛන නිදහස් කර ගැනීමට අනුමැතිය ලබා දීම.
• අපනයනකරු විසින් බැංකු ඇපකර ලබා දී නොමැති අවස්ථාවන්හීදී අත්තිකාරම් මුදල් ගෙවීමට අනුමැතිය ලබා දීම.
• ප්‍රතිඅපනයනයන් සඳහා අනුමැතිය ලබා දීම.

• දෙපාර්තමේන්තුවට අයත් සියළු නිළධාරීන්ගේ ආයතන කටයුතු 
• සුළු මුදල් අග්‍රිමය සම්බන්ධව කටයුතු කිරීම, දෙපාර්තමේන්තුවේ, සේවක සංඛ්‍යාව පවත්වාගෙන යාම, වත්කම්  බැරකම් ප්‍රකාශ ලබා ගැනීම හා සුරක්ෂිතව තබා ගැනීම.
• කාර්ය මණ්ඩලයේ  නිවාඩු ( ඇඟිලි සළකුණු යන්ත්‍ර යේ  ආධාරයෙන් ) ලබා ගැනීම හා යාවත් කාලීනව පවත් වා ගෙන යාම. දින වැටුප් අතිකාල නිවැරදි බව සටහන් කිරීම රාජකාරි දුම්රිය බලපත් නිකුත් කිරීම. අග්‍රහාර රක්ෂණ දීමනා ගෙවීම් කටයුතු.
• සියළු ශ්‍රේණි වලට අයත් නිළධාරීන්ගේ පෞද්ගලික ලිපි ගොණු යාවත්කාලීනව පවත්වාගෙන යාම හා ආරක්ෂා කිරීම. මුදල් අමාත්‍යංශයේ ලේඛම් , රාජ්‍ය සේවා කොමිෂම , රාජ්‍ය පරිපාලනය හා ඒ සම්බන්ධව වෙනත් අමාත්‍යාංශ හා කොම්ෂන් සභා අතර  ලිපි හුවමාරුව, ස්ථාන මාරු, විභාග විශ්‍රාම ගැනීම් , වලට අදාල කටයුතු
• පුහුණු පාඨමාලා ( දේශීය විදේශීය) සම්මන්ත්‍රන සම්බන්ධ කටයුතු , පුවත්පත් මිළ දී ගැනීම, ගෙවල් කුලී, කසළ ඉවත් කීරීම, ජලය සැපයීම,විදුලිය සැපයීම කාර්යාලය පිරිසිදු කිරිම යතුරු රාජකාරි ,ආරක්ෂක නිළධාරි සේවය ලබා ගැනීම හා ලේඛන පවත්වාගෙනයාම,ප්‍රවාහන කටයුතු හා ඉන්දන නිකුත්කිරීම හා ඊට අදාල ගොණු පවත්වාගෙන යාම.
• දෛනිකව යන එන තැපැල් සම්බන්ධව කටයුතු කිරීම, නිළධාරීන්ට ණය ලබා දීම හා ලේඛන නඩත්තුව,දුරකථන බිල්පත් පියවීම,තැපැල් මුද්‍රණ යන්ත්‍රය භාරව කටයුතු කිරීම,මිලදී ගැනීම,ගෙවල්කුළී ඇස්තමේන්තු හා සේවා ගිවිසුම් පවත්වා ගෙන යාම